ノイバーとエヴァは巨大空中要塞「ビッグ・マザー」を使って周囲を破壊しつつ、ハーメルンシステムでAIを持つロボットたちを支配下においた。レジーナの協力で心をひとつにした勇太とジェイデッカーが立ち向かう。